隨著報稅季節的來臨，投資者可能需要報告和支付與其免稅市政債券相關的稅務責任。投資者正忙於收集提交2024年報稅所需的文件，而報稅截止日是4月15日。在本年度，儘管聯邦儲備局已三度降低利率，產生收入的投資仍然表現不俗。投資者可能因此需要對其存款證、貨幣市場基金及高收益儲蓄賬戶所產生的逾4%年利率的利息收入繳稅。市政債券投資者雖然一般來說收入不需繳納聯邦收入稅（如果投資者居住在發行州，州稅也可免），但他們在報稅季也並非完全免受挑戰。
在2022和2023年，當聯邦儲備局進行加息循環時，債券價格（包括市政債券）表現不佳，隨之而來的則是購買便宜市政債券的投資者得到了相對優惠的交易，但他們每年也可能需要面對報告要求及繳稅的責任。根據Baird私人財富管理部的進階規劃主任Tim Steffen所說：「市政債券的折扣規則之一是，你必須每年申報收入中的利差，儘管這是來自免稅債券。」如果投資者購買的是債券基金或債券ETF則無需過多擔心，但若是購買個別債券，則必須特別留意。
當投資者以低於面值的價格購買市政債券時，可能會引發稅務後果。如果折扣低於面值的0.25%，那麼該折扣會被視為資本利得，適用於0%、15%或20%的稅率，具體取決於投資者的課稅收入。然而，如果折扣等於或高於面值的0.25%，該折扣就會視為普通收入，稅率可高達37%。例如，若一位投資者購買一張面值為10,000美元的市政債券，但交易價格為9,500美元，這500美元的折扣便需要課稅。大多數投資者選擇每年分期繳納稅款，但也有些選擇在到期時繳納根據Schwab金融研究中心的固定收入策略師Cooper Howard所述，投資者應諮詢稅務專業人士以找到最合適的方案。
市政債券還可能給投資者帶來其他意外的稅務影響。首先，退休人士會發現其市政債券收入會計入其調整後的總收入（MAGI），這是計算每月Medicare Part B和處方藥覆蓋費用的依據。根據收入，2025年MAGI在106,000美元或以下的個人（聯合申報的為212,000美元或以下），每月需支付Part B保費185美元；而收入超過該門檻者則需要支付更高的費用，最高稅級的納稅人每月需支付628.90美元。如果投資者購買的是應課稅的市政債券，則也要面對稅賦。Howard估計，這些應課稅的市政債券在市政債券市場中約占10%的份額。這類債券一般提供較高的收益，以彌補其債息在國家和聯邦層面都需繳稅的事實。Howard指出：「這一細節在發行說明書中有列出，投資者購買該債券時應當清楚。」他還補充道，應課稅的市政債券可能對低稅級的投資者和希望在免稅賬戶（如IRA）中持有市政債券的投資者有意義。「如果你在IRA中持有高信用質量的市政債券，並且利率高於可比較的債券，同時還獲得免稅好處，這是一個不錯的選擇。」
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